إن معظم المصابين بالبكتيريا الملوية البوابية لا يعانون من أي أعراض، والسّبب في ذلك غير معروف، إلا أن بعض الأشخاص قد يولَدون بقدرة أكبر لمقاومة أضرارها، وفي الحالات التي تظهر فيها الأعراض غالبًا ما تكون بسبب وجود القرحة أو الالتهاب في المعدة، وأبرز الأعراض المصاحبة للبكتيريا الملوية البوابية ما يأتي:
1- الشعور بألم في البطن، قد يوصف بأنه حرقة أو مغص.
2- ازدياد ألم البطن المصاحب لجرثومة المعدة سوءًا عندما تكون المعدة فارغةً.
3- انعدام الشهية للطعام، بالإضافة إلى فقدان الوزن غير المبرر.